ネイティブアプリケーション（native application）とは、端末やOSにインストールして使用し、それらの上でプログラムを直接実行できるアプリケーションのこと。ダウンロードやインストール、バージョンアップデートの必要があるが、端末やOSといったプラットフォーム向けに開発されているためそれらの機能を最大限に活用できる。また必ずしもネットワーク環境を必要としない。略称は「ネイティブアプリ」。

「Webアプリケーション（Webアプリ）」や「Javaアプリケーション（Javaアプリ）」との対比として用いられることも多い。特にスマートフォンに関する言及では「Webアプリ」との対比で用いられる。Webアプリは常に最新のバージョンを利用できるが、実行処理をWebサーバ上で行うため、Webブラウザーを介してインターネットに接続する必要がある。