サブディレクトリ（sub directory, subdirectory）とは、あるディレクトリの下位の階層に設置されたディレクトリのこと。コンピュータなどのファイルシステムやWebサイトの構造において、中に保管、設置されるファイル群の分類として用いられる。

最上位のディレクトリ「ルートディレクトリ」の直下に設置された子ディレクトリのみを指すことが多いが、さらに下層の孫ディレクトリ以下すべてのディレクトリを対象として呼ぶこともある。